Основной причиной, определяющей современную численность манула, несомненно, являются антропогенные факторы, которые имеют место по всей Южной Сибири:

• изменение и уничтожение местообитаний в результате распашки земель.
• изменение и уничтожение местообитаний в результате пастьбы домашнего скота.
• прямое и косвенное преследование человеком. В первую очередь - это незаконная охота, в том числе ночная охота с применением транспорта и массовое использование петель и капканов, случайная добыча.
• степные палы и лесные пожары
• применение ядохимикатов в сельском хозяйстве
• пастушьи собаки

На численность и ареал влияют также природные факторы, которые могут приводить к достаточно ощутимым колебаниям численности и изменениям ареала манула за небольшой период времени, но за более длительной период эти изменения, в целом, несущественны. Среди этих факторов: глубокоснежье, а также гололедицы, ранние обильные снегопады, колебания запасов основных жертв манула - пищух, грызунов.

Также манулы подвержены различным заболеваниям, в том числе инфекционным, но в природе они практически не изучены. Влияние конкуренции и хищничества со стороны корсака, лисицы, степного хорька, волка и филина, видимо, не играет определяющей роли.

В целом, можно отметить рост численности и некоторое расширение ареала манула в России в последние десять лет. Вероятно, это связано с резким сокращением сельскохозяйственного и охотничье-промыслового освоения территории. Наметившаяся тенденция к возрождению сельского хозяйства в регионе обитания манула (в Туве, Бурятии, на Алтае и в Читинской области) будет способствовать новому увеличению угроз и факторов беспокойства. Однако все наши оценки и прогнозы опираются на случайные данные и экстраполяции. В результате исследования стало ясно, что достоверная и массовая информация о мануле отсутствует. Причем такая ситуация характерна не только для российской части ареала, но и для прилежащих Монголии и Казахстана.

В этой ситуации представляется необходимым:

• Провести полевые исследования (зимние учеты) в регионах обитания манула с тем, чтобы знать современное состояние популяций манула, картировать наиболее типичные местообитания этого вида. На основе этой информации планировать дальнейшие шаги по сохранению манула в России (в том числе рекомендовать участки с наиболее сохранившейся численностью и наиболее типичные для обитания манула для создания особо охраняемых природных территорий).
• Глубже изучить биологию манула, особенности его образа жизни и структуру популяций, влияние лимитирующих факторов на популяции манула с целью разработки мер по сохранению вида. Для этого включить исследования по изучению биологии манула в рабочие планы (сделать изучение биологии манула одним из приоритетных направлением зоологических исследований) научно-исследовательских учреждений биологического профиля (В Читинской области - ЧИПР СО РАН, ГПБЗ "Даурский", в Бурятии - БНЦ, в Туве - ТИКОПР, в Республике Алтай - ГАГУ, в Красноярском крае - ГПБЗ "Саяно-Шушенский").
• Обеспечить слежение за динамикой численности манула в регионах, с этой целью рекомендовать региональным и республиканским управлениям по использованию и регулированию охотничьих видов животных внести манула в списки видов, учитываемых в ходе зимних маршрутных учетов. Обеспечить передачу собранной информации в территориальные органы Росприроднадзора РФ.
• Повысить эффективность охраны манула в существующих ООПТ федерального значения, где его обитание не вызывает сомнений (ГПБЗ "Убсунурская котловина", ГПБЗ "Даурский", заказник "Алтачейский"), и провести на этих ООПТ специальные исследования состояния популяции манула. Провести обследование территорий других ООПТ региона с целью выяснения обитания там манула (ГПБЗ "Алтайский", ГПБЗ "Саяно-Шушенский"). Способствовать созданию в регионе новых заповедников для охраны манула и других редких видов: в Республике Бурятия - в Боргойской степи, в Республике Алтай - на юге Кош-Агачского района (планируемый "Сайлюгемский").
• Оказать методическое и иное необходимое содействие субъектам федерации региона в проведении аналогичных мер на ООПТ регионального значения. В частности необходимо повысить эффективность охраны манула в заказниках "Шеминский", "Балгазынский", "Чаа-Хольский" и других Республики Тыва, где обитает манул, "Боргойский", "Тугнуйский" (Республика Бурятия), в национальных парках "Тункинский" (Республика Бурятия), "Алханай" (АБАО), природном парке "Укок" (Республика Алтай). Обратить внимание на сохранение статуса заказника республиканского значения "Кош-Агачский" (Республика Алтай).
• Запретить применение петель для добычи животных в степных и лесостепных районах
• Организовать разъяснительную работу среди местных жителей, а именно:
  • осведомить местные органы управления и охотобщества об обитании на подведомственной им территории манула и его статусе (обеспечить наглядными/методическими пособиями), обязать их распространять эту информацию среди пользователей сельхозугодий и охотников;
  • организовать периодическое освещение информации о мануле и других редких видах местными средствами массовой информации;
  • обеспечить наглядными пособиями школы и обязать их (или комитеты образования) включить информацию о редких видах в планы уроков.